8.2 workflow的基础知识

8.2.1 workflow常用工具包

## 构建niche model workflow常用工具包：
### 自动化shiny界面：是谢艺辉由2015年开发推动的项目；
## 关于自动化流程界面的实现
1、BBCVL: https://support.bccvl.org.au/support/home
2、Wallace：https://github.com/wallaceEcoMod/wallace
3、Nichetoolbox: https://github.com/luismurao/nichetoolbox
4、ODMAP: https://github.com/ChrKoenig/ODMAP  ##领域内标准协议
### 流程化脚本(R包)
5、Biomod2: https://github.com/cran/biomod2
6、Kuenm: https://github.com/marlonecobos/kuenm
##待更新

## 张金龙工作R包列表及其说明：
## 参考网址如下：
https://github.com/helixcn/sdm_r_packages

## 张金龙教授提供的全球物种建模主要团队：
## 参考信息：
https://github.com/helixcn/EcoEvoLinks

8.2.2 workflow数据载体

8.2.2.1 S4对象类型

## R语言：S4对象类型
## 许多集成包为了批量导出数据运行结果，会选择使用S4形式的数据集来承载数据集合，但有时候分析建模需要将S4中数据分解使用；
## S4对象系统是一种标准的R语言面向对象实现方式，S4对象有明确的类定义，参数定义，参数检查，继承关系，实例化等的面向对象系统的特征。
## 加载R包，用以分解及构建S4数据集；
library(pryr)
# 创建一个S4对象Person
> setClass("Person",slots=list(name="character",age="numeric"))
# 创建Person的子类
> setClass("Son",slots=list(father="Person",mother="Person"),contains="Person")
# 实例化Person对象
> father<-new("Person",name="F",age=44)
> mother<-new("Person",name="M",age=39)
# 实例化一个Son对象
> son<-new("Son",name="S",age=16,father=father,mother=mother)
# 看son对象的age属性
> son@age
[1] 16
# 查看son对象的mother属性
> slot(son,"mother")
An object of class "Person"
Slot "name":
[1] "M"
Slot "age":
[1] 39
> otype(son@name)
[1] "primitive"